L'origine del nome "Bagnoregio"  non è stata ancora accertata.

Il nome Balneum Regis, corrotto poi in Bagnorea e repristinato, con decreto regio, nelle forma originaria italianizzata solo nel 1922, deriva dalla presenza delle acque termali connesse con il vulcanismo volsinio. La leggenda vuole che Desiderio, re dei Longobardi la battezzasse con tale nome, perchè guarito da una grave malattia proprio grazie alle acque termali che scaturivano dalla città; ma un documento del '600, una lettera scritta da Gregorio Magno, riguardante la nomina del vescovo della città, cita il toponimo Balneum Regis, dunque già in uso prima della dominazione longobarda. E' comunque probabile che il nome derivi dalla presenza di acque termali dalle particolari proprietà terapeutiche.